Daugavpils Marka Rotko mākslas centra kolekcija ir viena no kultūras un mākslas institūcijas lielākajām vērtībām, kas nodrošina pasaules līmeņa mākslas pieejamību reģionā un veicina mākslas procesu nepārtrauktību kā spilgta laikmetīgās mākslinieciskās jaunrades un mākslas vecmeistaru izcilības liecība.

Kolekcija ir veidojusies līdz ar ideju par Dvinskā (tagad – Daugavpils) dzimušā mākslinieka, abstraktā ekspresionisma pamatlicēja Marka Rotko, simbolisku atgriešanos dzimtajā pilsētā, kur tapa viņa vārdā nosaukts mākslas centrs. 2003. gadā mākslinieka bērni, Keita Rotko Prizela un Kristofers Rotko, Daugavpilij uzdāvināja četrdesmit retrospektīvas muzeja kvalitātes Marka Rotko mākslas darbu reprodukcijas, kas kļuva par topošā centra krājuma pamatu ar teju sakrālu vērtību.

2005. gadā Daugavpilī tika aizvadīts pirmais starptautiskais glezniecības plenērs “Marks Rotko”. Tas kļuva par tradīciju un nemainīgu priekšnoteikumu kolekcijas turpmākai papildināšanai. Tādējādi 2013. gadā, atklājot Daugavpils Marka Rotko mākslas centru, tā krājumā bija jau vairāk nekā divi simti plenēra laikā tapušu glezniecības darbu.

Rotko centra aktīvā starptautisko simpoziju un rezidenču programma, kas noris kopš tā atklāšanas, veicina Latvijas un pasaules laikmetīgās mākslas pārstāvju piesaisti, māksliniecisko jaunradi un kolekcijas izaugsmi. Ik gadu mākslas centra kolekciju papildina simpoziju dalībnieku dāvinājumi dažādos mākslas medijos, paplašinot tās ģeogrāfiskās robežas un apliecinot mākslinieciskās izpausmes daudzveidību. Mākslinieku individuālie dāvinājumi, kas sevišķi pēdējos gadus izvirzās kā vēl viens būtisks kolekcijas papildināšanas veids, ir apliecinājums sekmīgai mākslas centra darbībai izstāžu projektu īstenošanā.

2018. gada nogalē Daugavpils Marka Rotko mākslas centrs noslēdza līgumu ar mākslinieku un mākslas mecenātu Bazilu Alkaci (Basil Alkazzi, Lielbritānija) par Bazila Alkaci iepirkumu fonda izveidi (The Basil Alkazzi Acquisitions Fund). Tas ļāva papildināt centra kolekciju ar vērtīgiem Latvijas un ārvalstu gleznotāju un grafiķu darbiem.

Kultūrvēsturiska nozīme Rotko centra kolekcijas uzturēšanā ir memoriālo vērtību saglabāšanai un mākslas pēctecības nodrošināšanai. Mākslas centrs mērķtiecīgi veido un uztur Daugavpilī dzimušu mākslinieku (Pētera Martinsona, Silvas Linartes, Sigurda Vīdzirkstes) memoriālās kolekcijas, saglabājot izcilo novadnieku radošo mantojumu un apliecinot viņu zīmīgo devumu Latvijas mākslas vēsturē.

2022. gadā Rotko centra kolekciju veido vairāk nekā sešsimt Latvijas un ārvalstu mākslinieku radīti mākslas darbi glezniecībā, grafikā, keramikā, tēlniecībā, tekstilā, fotogrāfijā un elektroniskajā mākslā, nodrošinot vizuālās mākslas nozaru plašu pārstāvniecību un mijiedarbību.
Rotko centra krājuma vērtību skaitliskais daudzums un mākslinieciskā dažādība dāvā iespēju veidot konceptuāli daudzveidīgus kolekcijas izstāžu projektus Latvijas un ārvalstu kultūrvietās, nodrošinot mākslas darbu pieejamību latviešu skatītājiem galvaspilsētā un reģionos, kā arī ārvalstu mākslas baudītājiem.

Līdz 2023. gadam Rotko centra pastāvīgo ekspozīciju sektorā ir skatāma mākslas centra kolekcijas izstāde “Atrasts kolekcijā” – līdz šim apjomīgākais pārskats par teju divdesmit gadu laikā uzkrātām mākslas vērtībām. 2022. gadā tika laists klajā izstādes katalogs – pirmais izdevums, kas atspoguļo spožākās izcilības Rotko centra kolekcijā, 220 lappušu garumā vēstot par simpoziju un izstāžu norisi, komunikāciju un sadarbību mākslas projektu īstenošanā, mākslas procesu virzību un attīstību, kur noteicošā loma ir cilvēkam – māksliniekam, kuratoram un kolekcijas veidotājam.